Er zijn geen onderscheidende kenmerken op Muscovy-eendjes om geslacht te bepalen. Zoals met de meeste binnenlandse vogels, kan het geslacht van een Muscovy-eend jonger dan vier weken oud alleen worden bepaald door een proces dat 'ontluchting' wordt genoemd. Naarmate de eenden groeien, worden de kenmerken die de mannetjes (mannetjes) van de vrouwtjes (hennen) onderscheiden langzaam duidelijk. Tegen de tijd dat de eenden de volwassen leeftijd naderen, kunnen de verschillen tussen de mannetjes en de vrouwtjes worden bepaald door observatie, zelfs door het ongetrainde oog.
Observeer de eendjes van vier tot zes weken oud. De jonge mannetjes (mannetjes) zullen groter worden dan de jonge kippen (vrouwtjes).
Observeer de eendjes van zes tot tien weken oud. De jonge vrouwtjes ontwikkelen hun veren voor de jonge mannetjes. De jonge mannetjes hebben dikkere benen, een bredere houding en grotere voeten dan de jonge vrouwtjes.
Observeer de jonge eenden na de leeftijd van 10 weken. De mannelijke eenden zullen meer uitgesproken caruncling (vlezig, bolvormig gezichtsmasker) ontwikkelen dan de vrouwtjes.
Luister naar en observeer de eenden. Beide geslachten maken een trillerig geluid, maar vrouwen zijn vocaler dan mannen. Mannelijke Muscovy-eenden sissen meer dan vrouwtjes, vergezeld van een staartkwispelende houding en pluizen van veren.
